Der A – Lokus wird auch Agouti – Gen genannt, um dass dieses Gen seine Wirkung zeigen kann, darf kein ee Allel vorliegen. Genauso wie kein dominantes schwarz, wie zum Beispiel der K – Lokus (KB) vorliegen darf, sonst kann sich der A – Lokus nicht ausprägen. Der A – Lokus ändert jedoch nichts an der Grundfarbe des Hundes, sondern kann gelbe bzw. rote Abzeichen in bestimmten Bereichen hervorbringen. Der A – Lokus ist verantwortlich für eine Zobel-Zeichnung. Das Phäomelanin gibt dem A – Lokus seine Farbe.
Vom A – Lokus gibt es, wie bei den meisten Lokus Typen auch mehrere Varianten. Wie zum Beispiel das Allel ay, dieses hat die größte Dominanz und zeigt sich in den Farben Sabel, dies wird auch dominantes gelb genannt. Dieses Allel führt zu einem hauptsächlich Phäomelanin gefärbten aussehen. Das bedeutet der Hund trägt gelbes bzw. rötliches Fell. Die Haarspitzen können jedoch auch schwarz sein.
Eine weitere Variante des A – Lokus ist das Allel aw dies zeigt sich in den Farben wild bzw. wolffarbig. Ähnlich wie beim ay Allel ist eine Änderung der Haare zu beobachten, obwohl auch ein wechsel zwischen hellen und dunklen Bereichen auftreten kann. Beim Border Collie aber ist diese Färbung so gut wie nie ausgeprägt.
Es gibt sogar noch eine Variante des A – Lokus, dieses ist das at Allel. Dies zeigt sich in den Farben Black und Tan. Dies zeigt sich mit verschiedenen Abzeichen wie um das Maul, Augen, Beinen, Brust und auf der Unterseite der Rute. Die Farben können gelb bzw. rötlich bis hell bzw. mittelbraun. Die Agouti Serie besteht aus dem Hauptallel a was für rezessives schwarz steht, was jedoch bei Border Collies nicht zutrifft, sondern bei Border Collies die Agouti Serie in mehreren Kombinationen möglich sein.
ay -> aw -> at -> a
ay/ay = clear sable
ay/aw = sable
ay/at = sable
aw/aw = wildsable
aw/at = wolffarbig
at/at = Tricolour (black-white-tan)