Das Merle – Gen wird in verschiedenen Varianten vererbt, doch vererbt wird es autosomal intermediär. Autosomal intermediär bedeutet unvollständig dominant, dies bedeutet wiederum das eine gemischte Ausprägung von Heterozygotie besteht und dies auf beiden Allelen ausbreitet. Hunde mit dem Merle – Gen bringt die Fellfarbe, wie ein Marmor – Muster, das heißt mit großen und kleinen Flecken die keine genaue Anordnung besitzen. Die Grundfarbe jedoch kann auch verdünnt auftreten, also bei schwarzer Grundfarbe in den Farben Silber oder Schiefergrau, bei der Grundfarbe braun, können die verdünnten Farben rötlich bzw. cremefarben sein. Man redet absichtlich nicht von Dilute, sondern von verdünnt, da das Dilute – Gen mit dem D – Lokus zusammenhängt und nicht mit dem M – Lokus.
Beim Border Collies sind alle Merle Varianten erlaubt. Doch die Verpaarung zweier Merle – Gen Hunde ist nicht erlaubt und ist eine Qualzucht! Die Folge sind sehr häufig weiß Überzeichnung, Taubheit und/oder Blindheit.
Eine Variante des Merle – Gens ist Atypical Merle. Beim Atypical Merle Gen wird großer Einfluss auf die Grundfarbe des Border Collies genommen, je nach Kombination der Merle Gene zeigen sich die vielen Möglichkeiten der Fellfarben. Trotzdem kann man nicht nur am Phänotyp ausmachen, was im Genotyp steckt.
Eine anderes Merle Gen ist das Herding Harlequin Merle Gen. Dieses Gen ist es mit dem meisten Basenpaaren. Das Herding Harlequin Merle Gen kann sehr helle Aufhellungen der Grundfarbe mitbringen, so das große weiße Bereiche zu erkennen sind. Diese Hunde sehen optisch dann wie gescheckte Hunde in verschiedenen Tönen, Dilutspots aus. Diese Hunde dürfen durch das Merle Gen natürlich nicht mit anderen Merle Gen Hunden verpaart werden.
Cryptic Merle ist eine weitere Variante des Merle Gens. Das Allel Mc, was für Cryptic Merle steht, vererbt sich wie das Allel m (non Merle), dies bedeutet bei einer Verpaarung ohne Merle Partner treten keine Merle Welpen auf, auch die reinerbige Form Mc/Mc nicht. Welpen können lediglich leicht helleres bzw. verwaschenes schwarz in den Haarspitzen zeigen, welches jedoch mit zunehmendem alter immer mehr zur Grundfarbe wird. Die Kombi Mc/M ergibt lediglich normale Merle Welpen, ist jedoch kein double Merle, somit erlaubt.
Seit kurzem gibt es einen neuen Test wo Hunde nicht mehr nur auf m (non Merle) oder M (Merle) getestet werden können, sondern auch auf die Merle Allele wie Cryptic Merle, Herding Harlequin Merle oder Atypical Merle. Man misst diesen Test über die Länge der SINE (Sequenz-Insertion) also über das SINE Gen und wird in den Längen bp (Basenpaare) unterteilt. Je länger die Basenpaare, desto höher ist der Wert und desto mehr ist die Merle Zeichnung vorhanden. Mittlerweile im M – Lokus unterscheidet man unter diesen Allelen.
m = non Merle
Mc = Cryptic Merle -> 200 – 230 bp
Mc+ = -> 231 – 246 bp
Ma = Atypical Merle -> 247 – 254 bp
Ma+ = -> 255 – 264 bp
M = Merle -> 265 – 269 bp
Mh = Herding Harlequinn Merle -> 270 – 280 bp